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Template pour les exercices sur les séries spatio-temporelles.

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BioDataScience-Course/time_series

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Série spatio-temporelle

Guyliann Engels & Philippe Grosjean

Contexte

Différentes analyses vous sont demandé dont les contexte vous sont expliqué ci-dessous

La Schizophrénie

Un test d’activité cérébrale est réalisé sur un patient quotidiennement durant 120 jours. Au jour 60, les médécins lui prescrivent le médicament.

Le nouveau médicament a t’il un effet sur l’activité cérébrale du patient étudié ?

Jeu de données : schizo.txt

Les tremblements de terre dans le monde

Les tremblements de terre d’une magnitude supérieur à 7 sont comptabilisé dans le monde entre 1900 et 1998.

Y a t’il des périodes de fortes activités sismiques ?

Jeu de données : earthq.txt

Les feux de forêts au Canada

On dénombre le nombre d’acres de forêt qui est détruit par le feu.

Est ce que les feux de forêts sont-ils en augmentation ?

Jeu de données : fire.txt

Note : 1 acre correspond à 4046 m2

La population de lynx

Une étude s’intéresse aux lynx capturés entre 1821 et 1934 au Canada.

Jeu de données : lynx du package datasets

La production de bières

La production mensuelle de bière (mégalitres) est encodée mensuellement depuis 1956. Décomposez cette série avec la méthode des moyennes mobiles

Jeu de données : beer.txt

Croissance d’arbres

Les scientifiques mesurent l’épaisseur de cernes (en cm) sur des arbres abattus en 1973. Décomposez cette série avec la méthode des moyennes mobiles

Jeu de données : cernes.txt

Variation de la température

Les chercheurs rencensent la température moyenne mensuelle à Melbourne à partir de janvier 1981. Y a t’il une augmentation de la température au cours du temps ?

Jeu de données : temperature_melbourne_1981

Transect de Nice à Calvi

Les chercheurs souhaitent visualiser graphiquement la distribution des Copépodes le long du transect (Variable Copepodits1)

Jeu de données : Marbio du package (Pastecs)

Production de lait

La production mensuelle de lait par vache est monitoré à partir de janvier 1926. Y a t’il une évolution linéaire? Le cycle annuel est modélisable ?

Jeu de données : milk_product_1962

Variation de la population en Australie

Les chercheurs rencensent mensuellement le population Australienne à partir de 1978. Ils souhaitent savoir si la croissance a été linéaire.

jeu de données : demographie.txt

Objectifs

Nous attendons des rapports individuels liés à chaque situation présentée précédement sous le format d’un R Markdown ( format de sortie libre). Il ne s’agit pas de rapports scientifiques conventionnels dont vous connaissez bien la structure (introduction, matériels & méthodes, but, ….).

Vousq devez considérer ces rapports comme des carnets de laboratoires. Lors d’une expérience, tout est consigné dans le carnet de laboratoire.

Votre rapport doit respecter la logique suivante :

  • But : Quelle est la question que vous vous posez ? Cette information se trouve dans la section ci-dessus.

  • Analyse : Cette section doit montrer l’évolution de votre analyse des données. Chaque graphiqe ou chaque modèle doit être commenté dans le texte en dessous de ce dernier.

Note : Les données sont mises à votre disposition au sein du dépôt dans le dossier data

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