predict_full_spine_model.ipynb

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    "\n",
    "from unet.unet_model import UNet\n",
    "from utils.patient import Patient\n",
    "\n",
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      "Loading net at: D:\\autoseg\\nets\\unet-spine-save0_6.pth\n",
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    "## Load and predict\n",
    "n_channels = 1\n",
    "n_classes = 14\n",
    "net = UNet(n_channels=n_channels, n_classes=n_classes)\n",
    "net.to(device='cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu')\n",
    "\n",
    "best_epoch = [6,55,60,18,63]\n",
    "\n",
    "for partition in range(5):\n",
    "    modelpath = \"D:\\\\autoseg\\\\nets\\\\unet-spine-save\" + str(partition) + \"_\" + str(best_epoch[partition]) + \".pth\"\n",
    "    print(\"Loading net at: \" + modelpath)\n",
    "    \n",
    "    net.load_state_dict(torch.load(modelpath, map_location='cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu'))\n",
    "    \n",
    "#     image_path = \"Z:/projects/autoseg/full-img\"\n",
    "#     partn_path = \"Z:/projects/autoseg/full-pt\" + str(partition)\n",
    "    image_path = \"D:/autoseg/full-img\"\n",
    "    partn_path = \"D:/autoseg/full-spine-pt\" + str(partition)\n",
    "    if not os.path.exists(partn_path):\n",
    "        os.mkdir(partn_path)\n",
    "    \n",
    "    \n",
    "    for filename in glob.glob(image_path+\"/CTCAC*\"):\n",
    "        fnspl = filename.split(\"\\\\\")\n",
    "        patname = fnspl[-1].replace(\".nii.gz\", \"\")\n",
    "        print(patname)\n",
    "        pat_path = filename\n",
    "        seg_path = partn_path + \"/\" + patname + \".nii.gz\"\n",
    "        \n",
    "#         print(pat_path)\n",
    "#         print(seg_path)\n",
    "\n",
    "        patient = Patient(pat_path,data_device='cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu')\n",
    "\n",
    "        patient.predict(net,seg_path,batch_size=10)"
   ]
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   "cell_type": "code",
   "execution_count": null,
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   "outputs": [],
   "source": []
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