Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Jump to bottom

Assignment P01B #35

Open
18 of 24 tasks
aalexmmaldonado opened this issue Jan 13, 2025 · 2 comments
Open
18 of 24 tasks

Assignment P01B #35

aalexmmaldonado opened this issue Jan 13, 2025 · 2 comments
Assignees
@aalexmmaldonado
Labels
Homework

Comments

@aalexmmaldonado
Copy link
Member

aalexmmaldonado commented Jan 13, 2025 •
edited
Loading

Due Date: Jan 24

Topic(s) Covered: Add the topics or sections covered in this homework.

Planning

  • Define the key objectives and skills to assess in the homework.
  • Decide on the mix of autograded and open-ended questions.
  • Determine the difficulty and scope of the assignment.

Writing Questions

  • Draft autograded questions with clear problem statements.
  • Draft open-ended questions with clear instructions and criteria for evaluation.
  • Balance difficulty and ensure alignment with course material.

Developing Autograder Tests

  • Write test cases for autograded questions to cover:
    • Edge cases.
    • Common errors.
    • Correct solutions.
  • Validate test cases for accuracy and completeness.
  • Integrate test cases into Gradescope or another autograder platform.
  • Perform end-to-end testing of the autograder.

Feedback and Review

  • Share the draft homework and tests with peers or TAs for review.
  • Incorporate feedback to improve clarity and fairness.

Releasing

  • Finalize the homework document.
  • Upload the homework and tests to Gradescope.
  • Publish the assignment to students with clear instructions.

Grading

  • Verify the autograder results for any anomalies.
  • Grade open-ended responses using a rubric.
  • Provide feedback for improvement.

Publishing Grades

  • Review the overall grading for consistency.
  • Publish grades and feedback to the LMS or grade portal.
  • Notify students that grades are available.

Additional Notes

We will be using sequencing runs from this paper and its BioProject.

A decent amount of this data appears from a previous publication.
@aalexmmaldonado aalexmmaldonado self-assigned this Jan 13, 2025
@aalexmmaldonado
Copy link
Member Author

aalexmmaldonado commented Jan 15, 2025 •
edited
Loading

Antibiotic sensitivity

biosc1540-2025s-parent-isolate-antibiotic-sensitivity.csv

These values are from the parental strains from this publication.

Isolates in bold are the most susceptible to antibiotics (ERR418938, ERR418571, ERR418982, ERR418999, ERR419002) with minimum inhibitory concentrations (MICs) of 0.1.

SRA_accession MLST Survival MIC IC50 AUC
ERR418849 5 0.25 0.175 0.102084 0.0339958
ERR418852 5 0.75 0.325 0.150341 0.0760437
ERR418853 5 0.5 0.25 0.11453 0.0588056
ERR418856 5 0.583333 0.25 0.161567 0.0610242
ERR418857 5 0.75 0.325 0.146514 0.0882763
ERR418863 3559 0.333333 0.175 0.0852284 0.0429951
ERR418884 30 0.583333 0.25 0.152034 0.0563856
ERR418913 25 0.333333 0.1 0.083417 0.056077
ERR418914 25 0.25 0.25 0.117305 0.0516071
ERR418916 25 0.166667 0.25 0.0476525 0.0391856
ERR418923 15 0.333333 0.25 0.119922 0.0602322
ERR418924 2434 0.166667 0.1 0.0293946 0.0204626
ERR418927 15 0 0.25 0.0923114 0.0575787
ERR418928 15 0 0.25 0.118377 0.0589466
ERR418932 188 0.666667 0.175 0.105295 0.0564635
ERR418933 188 0.75 0.25 0.135533 0.0742727
ERR418934 188 0.666667 0.25 0.107141 0.0596594
ERR418936 3469 0.166667 0.25 0.107422 0.0574573
ERR418938 26 0 0.1 0.0271201 0.020978
ERR418941 30 0.416667 0.25 0.131901 0.0626987
ERR418411 12 0 0.175 0.0789276 0.0304995
ERR418414 30 0.25 0.325 0.14968 0.082113
ERR418415 25 0.08 0.175 0.0947342 0.0631107
ERR418423 5 0.583333 0.325 0.10783 0.0636256
ERR418426 25 0.25 0.175 0.0914837 0.0426165
ERR418427 3424 0.75 0.4 0.141794 0.0792544
ERR418429 6 0 0.325 0.126027 0.0737723
ERR418433 291 0.916667 0.25 0.207283 0.104213
ERR418440 88 1 0.4 0.150454 0.102771
ERR418441 15 0.333333 0.325 0.140206 0.0905711
ERR418446 8 0.666667 0.25 0.177605 0.0486702
ERR418447 25 0.333333 0.1 0.0307612 0.0214832
ERR418449 45 1 0.175 0.0904179 0.0377315
ERR418453 1 0.333333 0.325 0.106194 0.0549043
ERR418456 12 0.08 0.175 0.101888 0.0444061
ERR418457 15 0.25 0.175 0.10175 0.0560444
ERR418462 5 0.25 0.4 0.17182 0.0858603
ERR418463 5 0.416667 0.175 0.10453 0.0497978
ERR418464 3447 0.666667 0.325 0.207774 0.10472
ERR418467 291 0.916667 0.325 0.212213 0.0970642
ERR418476 291 0.916667 0.325 0.16123 0.0666056
ERR418480 59 0.5 0.25 0.147536 0.0614414
ERR418483 101 1 1 0.287274 0.14746
ERR418486 30 0.5 0.175 0.129437 0.0561253
ERR418488 188 0.583333 0.25 0.112552 0.0734842
ERR418489 15 0 0.25 0.0796121 0.0553897
ERR418493 12 0 0.325 0.158686 0.0773952
ERR418497 45 0.166667 0.175 0.092647 0.0289604
ERR418500 188 1 0.475 0.325412 0.124506
ERR418502 1 0.583333 0.175 0.109765 0.0449901
ERR418504 39 0.5 0.475 0.110597 0.0459997
ERR418506 1281 0.416667 0.25 0.12012 0.0610193
ERR418510 3460 0.5 0.175 0.100429 0.0521797
ERR418513 72 0.75 0.325 0.201771 0.0852752
ERR418514 12 0.333333 0.325 0.148265 0.0589764
ERR418515 580 0.5 0.4 0.129466 0.0797876
ERR418520 15 0.166667 0.25 0.124391 0.1021
ERR418522 97 0.916667 0.325 0.204532 0.0905663
ERR418523 1 0.333333 0.25 0.116954 0.0879667
ERR418525 1 0.333333 0.4 0.13203 0.0927573
ERR418528 3422 0.25 0.175 0.106254 0.0691031
ERR418529 25 0.0833333 0.1 0.0312348 0.0258707
ERR418530 8 0.75 0.4 0.100089 0.108118
ERR418531 398 1 1 0.264297 0.159684
ERR418532 398 1 0.475 0.206442 0.124268
ERR418534 59 0.75 0.4 0.19911 0.109652
ERR418535 6 0.0833333 0.175 0.0867414 0.0523006
ERR418539 188 0 0.25 0.124769 0.0847517
ERR418544 12 0.416667 0.25 0.177995 0.119423
ERR418545 30 0.25 0.4 0.153854 0.0739406
ERR418546 1 0.833333 0.325 0.124831 0.0881621
ERR418547 Unknown 0 0.175 0.115431 0.0617305
ERR418551 59 0.166667 0.325 0.158802 0.11199
ERR418553 12 0.416667 0.4 0.23505 0.106508
ERR418554 97 0.25 0.25 0.134068 0.0903987
ERR418565 15 0.75 0.325 0.1422 0.133412
ERR418567 88 0.5 0.25 0.12151 0.076047
ERR418568 22 0.0833333 0.25 0.113858 0.0715659
ERR418569 30 0.333333 0.25 0.161714 0.0836823
ERR418571 15 0 0.1 0.032282 0.0205816
ERR418577 1 0.08 0.175 0.0963456 0.0591313
ERR418578 3434 0.583333 0.4 0.112577 0.076478
ERR418583 12 1 0.4 0.248637 0.124749
ERR418587 7 0 0.175 0.0814522 0.0465665
ERR418590 45 0.75 0.25 0.171511 0.0842463
ERR418597 12 0.0833333 0.325 0.114712 0.0994403
ERR418598 5 0.17 0.25 0.159446 0.0723056
ERR418599 1 0.416667 0.25 0.11986 0.078818
ERR418600 12 0.583333 0.325 0.10419 0.0780026
ERR418602 121 0.416667 0.25 0.124054 0.0894666
ERR418603 12 0.25 0.325 0.155892 0.0842859
ERR418607 398 1 1 0.231748 0.145316
ERR418608 573 0.75 0.4 0.199905 0.102559
ERR418609 30 1 0.325 0.169681 0.093995
ERR418615 25 0.583333 0.25 0.0963407 0.0854739
ERR418616 22 0.5 0.175 0.119782 0.0823226
ERR418618 8 0.583333 0.325 0.101658 0.0839817
ERR418622 97 0.5 0.4 0.181891 0.112667
ERR418625 1533 0.666667 0.25 0.190735 0.122077
ERR418628 291 1 0.325 0.141822 0.113223
ERR418634 5 0.08 0.175 0.107596 0.065814
ERR418636 97 0.416667 0.4 0.194822 0.117301
ERR418638 146 0.583333 0.175 0.157155 0.0689589
ERR418640 12 0.5 0.325 0.244746 0.103347
ERR418643 25 0.416667 0.175 0.0881775 0.0537207
ERR418644 12 0.25 0.25 0.130988 0.0553707
ERR418646 3449 0.333333 0.175 0.0985629 0.0511975
ERR418647 Unknown 0.5 0.4 0.12745 0.0804622
ERR418655 3448 0 0.4 0.10811 0.0566759
ERR418656 8 0 0.475 0.118248 0.074116
ERR418658 45 1 1 0.456927 0.185589
ERR418670 5 0.416667 0.25 0.128763 0.0522913
ERR418672 924 0.166667 0.175 0.0999088 0.0271859
ERR418685 15 0 0.25 0.112762 0.0433182
ERR418688 182 0.17 0.175 0.0973652 0.0496282
ERR418689 15 0 0.175 0.0857053 0.0354286
ERR418692 97 0.833333 0.25 0.182322 0.0718775
ERR418695 291 0.916667 0.25 0.118934 0.0511964
ERR418704 Unknown 0 0.175 0.0788912 0.020381
ERR418706 Unknown 0 0.1 0.0291348 0.0116471
ERR418708 Unknown 0.333333 1 0.158817 0.0699156
ERR418712 25 0.25 0.175 0.0837699 0.018051
ERR418713 59 0.08 0.25 0.103145 0.0432117
ERR418719 45 0 0.175 0.0923081 0.0394146
ERR418721 188 0.17 0.25 0.129933 0.0629892
ERR418722 1 0.25 0.175 0.102406 0.0465399
ERR418725 59 0.333333 1 0.172051 0.0825044
ERR418956 3439 0.0833333 0.325 0.0852976 0.0500239
ERR418958 72 0 0.325 0.0785798 0.0548285
ERR418966 45 0.333333 0.175 0.0873788 0.0347218
ERR418968 3453 1 0.475 0.209838 0.0789047
ERR418969 20 0.0833333 0.175 0.0964637 0.0505198
ERR418970 398 1 0.475 0.203089 0.077227
ERR418979 59 0.333333 0.475 0.135443 0.08472
ERR418982 188 0 0.1 0.0269875 0.0171149
ERR418985 5 0.416667 0.175 0.102379 0.0373353
ERR418991 1 0.666667 0.25 0.117579 0.060701
ERR418993 45 0.416667 0.175 0.100681 0.0420451
ERR418994 45 0.17 0.175 0.0496474 0.0235278
ERR418997 8 1 0.25 0.0659733 0.0313021
ERR418998 39 0 0.25 0.0752108 0.0289269
ERR418999 12 0 0.1 0.0313024 0.0133599
ERR419002 130 0 0.1 0.0305557 0.0103768
ERR419007 22 0.416667 0.175 0.0993961 0.0411216
ERR419008 5 0.416667 0.25 0.115046 0.0811843
ERR419012 22 0.25 0.175 0.102639 0.0495176
ERR419014 50 0.583333 0.175 0.100678 0.0492135
ERR419015 1224 0.0833333 0.475 0.158992 0.0749499
ERR419018 45 0.25 0.175 0.108745 0.0373124
ERR419022 8 0 0.4 0.0241271 0.0545834
ERR419030 95 0 0.175 0.0714648 0.0337145
ERR419041 59 0 0.25 0.113291 0.0196945
ERR419045 12 0.833333 0.325 0.183612 0.0720664
ERR419047 3453 0.916667 1 0.159388 0.0783448
ERR419049 1 0.333333 0.325 0.113055 0.056333
ERR419051 3451 0 0.175 0.0971719 0.0406936
ERR419052 1 1 1 0.284581 0.201079
ERR419056 30 0.5 0.25 0.134395 0.051939
ERR419057 1 0.166667 0.4 0.121606 0.0674709
ERR419058 72 0.416667 0.25 0.120391 0.0545225
ERR419067 34 1 0.4 0.196961 0.0771973
ERR419071 109 0 0.175 0.0895391 0.0425841
ERR419074 5 0 0.25 0.150395 0.0598821
ERR419075 109 0.17 0.175 0.110676 0.0550497
ERR419078 8 0.17 0.475 0.322556 0.0949944
ERR419079 8 0.5 0.325 0.128462 0.0540501
ERR419082 15 0.833333 0.4 0.250145 0.0980708
ERR419084 30 0.08 0.325 0.130164 0.0562438
ERR419085 72 0.333333 0.4 0.265605 0.0874172
ERR419086 72 0.333333 0.475 0.284652 0.105544
ERR419087 22 0.916667 0.4 0.254617 0.106999
ERR419090 30 0.5 0.325 0.152668 0.0480106
ERR419098 398 0.333333 0.325 0.153225 0.0702193
ERR419100 3535 1 0.4 0.174757 0.0903678
ERR419111 291 1 0.325 0.189715 0.0793141
ERR419113 1 0.333333 0.175 0.10349 0.0495577
ERR419120 1224 0 0.4 0.157554 0.071606
ERR419124 6 0.416667 0.325 0.146509 0.0718696
ERR419125 88 0.416667 0.25 0.163019 0.0581519
ERR419132 109 0.08 0.175 0.0938702 0.0497219
ERR419135 22 0.583333 0.25 0.11007 0.0699901
ERR419136 39 0.416667 0.1 0.0284042 0.0151616
ERR419138 15 0 0.175 0.0927361 0.0381213
ERR419149 59 0.333333 0.25 0.129599 0.0139616
ERR419150 45 0.17 0.175 0.0896186 0.0433297
ERR419153 45 0.583333 0.175 0.0979971 0.0471178
ERR419155 45 1 0.25 0.178018 0.068896
ERR419157 8 0 0.175 0.108503 0.0465416
ERR419158 789 0.333333 0.25 0.112172 0.043759
ERR419161 8 0.25 0.175 0.100724 0.0462961
ERR419162 12 0.583333 0.25 0.112629 0.046449
ERR419164 2255 1 0.475 0.395765 0.156203
ERR419165 8 0 0.25 0.120913 0.0579397
ERR419166 59 0.333333 0.475 0.230359 0.133179
ERR419170 45 1 0.175 0.0985201 0.0430907
ERR419173 1535 0.5 0.25 0.10304 0.0446084
ERR419176 8 0.17 0.25 0.0975414 0.0419081
ERR419183 425 0.25 0.25 0.114679 0.0523607
ERR419184 8 0 0.25 0.10679 0.0506504
ERR419185 6 0.416667 0.325 0.123866 0.0526933
ERR419186 59 1 0.325 0.144863 0.0715231
ERR419187 45 0.5 0.175 0.0897516 0.0316901
ERR419191 8 0 0.175 0.0954315 0.0435506
ERR419192 72 0 0.25 0.137339 0.0554264
ERR419195 12 0.666667 0.175 0.158403 0.0537051
ERR419199 25 0.25 0.25 0.117068 0.0550089
ERR419200 1 0.17 0.475 0.196681 0.089582
ERR419202 34 1 0.4 0.21949 0.0991859
ERR419203 59 0.08 0.325 0.128379 0.0628994
ERR419204 22 0 0.175 0.0969299 0.0412747
ERR419206 54 0.5 0.175 0.0728905 0.0496321
ERR419207 3448 0.333333 0.25 0.111794 0.0543377
ERR419212 3462 0 0.325 0.106268 0.0547515
ERR419220 30 0.25 0.25 0.176934 0.0518558
ERR419224 291 0.833333 0.4 0.19004 0.0769106
ERR419225 15 0.166667 0.25 0.126767 0.0429102
ERR419226 1 0.583333 0.25 0.15999 0.046292
ERR419229 8 0 0.175 0.100292 0.0452437
ERR419230 1693 0.17 0.25 0.101623 0.0559691
ERR419232 39 1 0.25 0.132353 0.0557337
ERR419239 12 0.416667 0.175 0.133951 0.0404679
ERR419241 3446 0.0833333 0.25 0.127762 0.0500504

@aalexmmaldonado
Copy link
Member Author

aalexmmaldonado commented Jan 15, 2025 •
edited
Loading

In the following SI, SourceData_fig 2c.xlsx, we finally get some connections between parent and evolved strain accession numbers. Freezer IDs came from SourceData_fig s2.xlsx.

Parent Evolved Freezer ID Parent IC50 (mg/L) Evolved IC50 (mg/L)
ERR418695 SRR11812795 157 0.119 3.806
ERR419111 SRR11812796 003 0.190 5.905
ERR419224 SRR11812794 449 0.190 4.309
ERR418467 SRR11812792 073 0.212 1.764
ERR418433 SRR11812791 143 0.207 4.879
ERR418476 SRR11812790 236 0.161 2.213
ERR418628 SRR11812789 264 0.142 4.033
ERR419100 SRR11812817 359 0.175 1.296

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Assignees

@aalexmmaldonado aalexmmaldonado

Labels
Homework
Projects
None yet
Milestone
No milestone
Development

No branches or pull requests
1 participant
@aalexmmaldonado