main.nf

#!/usr/bin/env nextflow
import Constants
import Utils

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    nf-core/oncoanalyser
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    Github : https://github.com/nf-core/oncoanalyser
    Website: https://nf-co.re/oncoanalyser
    Slack  : https://nfcore.slack.com/channels/oncoanalyser
----------------------------------------------------------------------------------------
*/

nextflow.enable.dsl = 2

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    IMPORT NF-CORE UTILITY FUNCTIONS / SUBWORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_oncoanalyser_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION     } from './subworkflows/local/utils_nfcore_oncoanalyser_pipeline'

include { getGenomeAttribute } from './subworkflows/local/utils_nfcore_oncoanalyser_pipeline'

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    SET DEFAULT VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

params.ref_data_genome_fasta         = getGenomeAttribute('fasta')
params.ref_data_genome_fai           = getGenomeAttribute('fai')
params.ref_data_genome_dict          = getGenomeAttribute('dict')
params.ref_data_genome_bwamem2_index = getGenomeAttribute('bwamem2_index')
params.ref_data_genome_gridss_index  = getGenomeAttribute('gridss_index')
params.ref_data_genome_star_index    = getGenomeAttribute('star_index')

WorkflowMain.setParamsDefaults(params, log)
WorkflowMain.validateParams(params, log)

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    CREATE PLACEHOLDER FILES FOR STUB RUNS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

// NOTE(SW): required prior to workflow import

if (workflow.stubRun && params.create_stub_placeholders) {
    Utils.createStubPlaceholders(params)
}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    IMPORT WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

include { TARGETED } from './workflows/targeted'
include { WGTS     } from './workflows/wgts'

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    NAMED WORKFLOWS FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

//
// WORKFLOW: Run main analysis pipeline depending on type of input
//
run_mode = Utils.getRunMode(params.mode, log)

workflow NFCORE_ONCOANALYSER {

    if (run_mode === Constants.RunMode.WGTS) {
        WGTS()
    } else if (run_mode === Constants.RunMode.TARGETED) {
        TARGETED()
    } else {
        log.error("received bad run mode: ${run_mode}")
        Nextflow.exit(1)
    }

}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    RUN MAIN WORKFLOW
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

workflow {

    //
    // SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
    //
    PIPELINE_INITIALISATION(
        params.version,
        params.help,
        params.validate_params,
        params.monochrome_logs,
        args,
        params.outdir,
    )

    //
    // WORKFLOW: Run main workflow
    //
    NFCORE_ONCOANALYSER()

    //
    // SUBWORKFLOW: Run completion tasks
    //
    PIPELINE_COMPLETION(
        params.email,
        params.email_on_fail,
        params.plaintext_email,
        params.outdir,
        params.monochrome_logs,
        params.hook_url,
    )
}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/