fdalabel_handler

Note

This repository is under construction and will be officially released by Mizuno group.
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これはなに

FDA@label のデータを処理したコードです。

データの概要

データ数

• データ数は、220366 行です。
• 50000 行ごとに、45 個のファイルに分かれています。

データベースの構成

• データは各医薬品ごとにまとまっています。
• テーブルは raw のみです。
• テーブルの構成の概要は、以下のとおりです：
  • row_id：DB 内での通し番号（追加したもの）
  • set_id：医薬品に対して一意に定まる ID
  • id：ある医薬品の特定のバージョンに対して一意に定まる ID
  • その他のカラム：医薬品の特徴など
• 列名の詳細の説明は ここ か fdalabel_columns.csv を参照してください。

set_id について

• https://nctr-crs.fda.gov/fdalabel/services/spl/set-ids/{setid}/spl-doc を置き換えることで、該当する医薬品の添付文書を見ることができます。
• DAILYMED にある通り、
  • https://dailymed.nlm.nih.gov/dailymed/drugInfo.cfm?setid={setid}&version={versionnumber} の置換により、特定のバージョンにアクセスすることもできます。
  • labelling archives による検索で、過去のバージョンを探すこともできます。

コードの概要

• analysis：階層構造になっていたデータをフラット化し、データの中身を確認するのに使ったコードなどです。
• make_db：列を絞り、データベース形式にするのに使用したコードです。
• pubchem：PubChem から Active ingredients の情報を取ってくるのに使ったコードです。

データの保管場所

• NAS の text 直下の fdalabel フォルダにあります。
• カラムの説明は fdalabel_columns.csv にまとまっています。

Authors

• Mei Yoshikawa
  • main contributor
• Tadahaya Mizuno
  • correspondence

Contact

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• yoshikawa-mei2525[at]g.ecc.u-tokyo.ac.jp
• tadahaya[at]gmail.com
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