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R_gerenciamento_de_pacotes.md

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Gerenciamento de pacotes no R

Introdução

Atualmente existem milhares de pacotes (packages) extras disponíveis para os mais variados fins, ajudando a completar ainda mais o R. Todos os pacotes oficiais do são disponibilizados através do CRAN (Comprehensive R Archieve Network), e muitos outros (“não-oficiais”) são disponibilizados de outras formas (e.g. GitHub ou site do autor).

A seguir segue uma descrição das três peças fundamentais que compõem os pacotes do R. É importante que o usuário saiba a diferença entre package e library:

  • Library (biblioteca): um diretório que contém sub-diretórios de pacotes instalados.

  • Package (pacotes): uma coleção de funções do R com uma documentação associada. Os pacotes são carregados através da função library() ou require().

  • Repositories (repositórios): são endereços que indicam onde estão os pacotes disponíveis através do CRAN. O repositório principal é http://cran.r-project.org. No entanto, existem diversos espelhos (“mirrors”) em todo o mundo que também contém os mesmos arquivos. Uma lista de espelhos está disponível em http://cran.r-project.org/mirrors

O R provê uma série de funções que auxiliam no gerenciamento de seus pacotes. No entanto, cabe ao usuário saber como utilizar estas funções para que o sistema esteja sempre organizado e atualizado. Este documento contém algumas explicações que tem como objetivo ajudar os usuários a instalar e gerenciar pacotes.

Instalando pacotes

A maneira mais simples de instalar um pacote do CRAN no R é através da função install.packages(). Por exemplo, se queremos instalar o pacote foo poderíamos fazer simplesmente:

install.packages("foo", dependencies = TRUE)

O argumento dependencies = TRUE serve para que o programa instale automaticamente todos os outros pacotes dos quais foo depende. No entanto, note que em uma instalação padrão do R, apenas o usuário root terá privilégios para a instalação de pacotes, já que a biblioteca padrão (onde são instalados os pacotes) fica em R_HOME/library, onde R_HOME representa o diretório de instalação padrão do R (geralmente em /usr/local/lib64/R, que somente o root tem permissão de escrita).

NOTA: para conferir seu R_HOME use o comando

R.home()
## [1] "/usr/local/lib64/R"

Para resolver esse problema o usuário comum tem duas opções: (a) iniciar o R como root, ou (b) criar uma biblioteca particular em uma pasta onde ele tem acesso e instalar os pacotes neste diretório. A primeira opção aparentemente é mais simples, embora (como em todos os casos) nunca é recomendado utilizar programas como root. Além disso, o usuário comum nunca terá acesso como root (em condições adequadas). A segunda opção pode ser mais trabalhosa na primeira vez que se cria uma biblioteca particular. No entanto, além de não haver a necessidade de iniciar o programa como root, existem outros benefícios com esta prática a longo prazo. Dessa forma, será apresentado a seguir um mecanismo de gerenciamento de pacotes baseado na segunda opção: uma maneira simples de criar uma biblioteca particular para o usuário comum.

Os benefícios deste método vão além daquele mencionado anteriormente. Suponha que o usuário optou por instalar pacotes através do login como root. Dessa forma todos os pacotes instalados estão na biblioteca padrão do R. A próxima vez que o programa for reinstalado (e.g. por motivos de atualização) todos os pacotes serão perdidos, e o usuário será obrigado a reinstalá-los novamente. Utilizando a opção (b), o R pode ser reinstalado sem preocupações com isso, pois todos os pacotes instaldos pelo usuário continuarão em sua biblioteca particular, o que é uma grande vantagem quando muitos pacotes são utilizados.

Criando uma biblioteca particular

Para criar sua biblioteca particular, o usuário deve escolher um diretório no sistema onde ele tenha permissão de escrita. A maneira mais fácil é utilizar sua própria pasta $HOME (e.g. /home/fpmayer/ ou ~/). Portanto, criamos então um diretório com um nome qualquer para esta tarefa. Neste exemplo, vamos utilizar o diretório library dentro de um diretório chamado R, ou seja, ~/R/library. Note que estes diretórios devem ser criados previamente.

Nesse momento, nosso desejo é de que o R instale os pacotes neste diretório. No entanto, ele não sabe que esse diretório foi criado e serve para esse fim. Devemos portanto indicar ao R que essa pasta servirá como uma biblioteca. Para isso devemos ajustar a variável de ambiente R_LIBS, que informa ao programa, durante sua inicialização, onde estão os diretórios que servem como bibliotecas. A maneira mais fácil de fazer isso é criando o arquivo .Renviron na pasta $HOME (nesse caso /home/fpmayer). Note que esse será um arquivo oculto nesta pasta. Esse arquivo é utilizado para ajustar apenas variáveis de ambiente do R de uma forma global. Ou seja, não importa onde o R seja iniciado, ele irá “ler” este arquivo na sua inicialização. Sendo assim, dentro deste arquivo devemos escrever a seguinte linha:

R_LIBS=~/R/library

Mais de uma biblioteca pode ser especificada utilizando-se ponto-e-vírgula (se você quiser utilizar mais de uma biblioteca particular), e outras variáveis de ambiente também podem ser especificadas aqui (o que foge do contexto deste documento). Note que mesmo especificando um novo diretório, a biblioteca padrão do R (R_HOME/library) não será substituída, apenas ficará como segunda opção, já que nela estão os pacotes básicos (base e recommended) que compõem a instalação padrão do programa.

Durante o processo de inicialização do R, as bibliotecas especificadas em R_LIBS (com a biblioteca principal sempre incluída) são identificadas através da função .libPaths(). Depois de iniciar o programa você pode conferir quais são as bibliotecas disponíveis (que o R identificou) utilizando esta função sem argumentos. Se estiver tudo certo, o resultado desta função deve ser

.libPaths()
## [1] "/home/fpmayer/R/library"    "/usr/local/lib64/R/library"

Nesse momento, seu sistema estará pronto para receber pacotes do CRAN e instalá-los em uma biblioteca particular.

Selecionando um repositório

Antes de começarmos com a instalação de novos pacotes na biblioteca particular, vamos selecionar um repositório do CRAN onde os pacotes serão procurados. Na verdade esta etapa é dispensável, pois quando se utiliza a função install.packages() para instalar um pacote, uma pequena interface gráfica em Tcl/Tk se abre com todos os espelhos do CRAN disponíveis. Basta selecionar um deles e a função se encarrega do resto.

No entanto, como tudo no R pode ser facilitado, podemos escolher um repositório que sempre iremos utilizar para instalar os pacotes e evitar que a interface em Tcl/Tk se abra toda vez que isso for necessário. Aqui também existem duas maneiras de se fazer isso. A primeira é especificar o repositório na própria função install.packages() através do argumento repos, por exemplo,

install.packages("foo", dependencies = TRUE,
                 repos = "http://cran-r.c3sl.ufpr.br")

No entanto essa não é uma solução muito prática, pois teremos que fazer isso toda vez que um pacote for instalado.

Outra maneira de fazer o mesmo procedimento é através da criação de um arquivo que contém comandos que serão carregados sempre que o R for iniciado. Este arquivo deve se chamar .Rprofile e funciona da mesma forma que o .Renviron utilizado anteriormente para ajustar variáveis de ambiente. No entanto, este novo arquivo deve conter apenas códigos do R que devem ser carregados na inicialização (e.g. o usuário pode desejar sempre carregar o mesmo pacote). É importante fazer esta distinção: .Renviron é utilizado apenas para variáveis ambientais, enquanto que .Rprofile pode conter apenas comandos do R.

Através deste arquivo, portanto, podemos especificar um repositório que sempre será utilizado quando a função install.packages() (ou qualquer outra que se utilize dos repositórios) for utilizada. Sendo assim, crie o arquivo .Rprofile em sua pasta $HOME (e.g. ~/.Rprofile) e entre com o seguinte comando dentro desse arquivo:

options(repos = "http://cran-r.c3sl.ufpr.br")

Note que o endereço do repositório não precisa necessariamente ser o mesmo mostrado aqui. O usuário pode utilizar qualquer endereço de repositórios do CRAN que podem ser consultados em http://cran.r-project.org/mirrors.html.

Dessa forma, toda vez que o R for inicializado, esta opção será automaticamente ajustada. Da próxima vez que o usuário for instalar um pacote não haverá mais a interface em Tcl/Tk, pois os pacotes serão procurados diretamente neste repositório especificado. Uma forma de conferir se este processo deu certo é fazendo

getOption("repos")
## [1] "http://cran-r.c3sl.ufpr.br"

e conferir se o repositório é o mesmo daquele do arquivo .Rprofile.

Note que, da mesma forma que o arquivo .Renviron, todo o conteúdo do .Rprofile presente na pasta $HOME é usado para definir opções globais para o R. Não importa em qual diretório o programa for iniciado, estas opções sempre serão reconhecidas.

O arquivo .Rprofile é muito útil também para outros fins. Qualquer opção do R que o usuário queira que seja configurada sempre que o progarama for inicializado pode ser ajustada da forma demonstrada aqui. Para saber as opções disponíveis veja ?options. Outra utilidade é que pacotes que sempre são utilizados pelo usuário podem ser carregados na inicialização com a especificação de library(foo) dentro deste arquivo. No entanto, se um determinado pacote é utilizado apenas em um projeto, um outro arquivo .Rprofile pode ser criado apenas dentro do diretório deste projeto especificando os pacotes utilizados “localmente”.

Instalando pacotes na biblioteca particular

Existem duas maneiras de instalar pacotes no R. A primeira é utilizando a função install.packages() de dentro do programa, como mencionado no início desta seção. Outra forma é utilizando o comando R CMD INSTALL no próprio shell (linha de comando). Esta segunda opção funciona apenas quando o usuário já possui o arquivo fonte do pacote e quer apenas instalá-lo.

Utilizando a função install.packages()

Através desta função, inicialmente é feito o download do pacote especificado e depois ele é instalado automaticamente. Vamos usar como exemplo a instalação do pacote mvtnorm, utilizado para calcular medidas das distribuições normal e t multivariadas. Para instalar o pacote, podemos fazer

install.packages("mvtnorm", dependencies = TRUE, 
                 lib = "~/R/library")

Note que o argumento lib é utilizado para especificar a biblioteca onde o pacote será instalado. No entanto, como este diretório é o primeiro na lista de bibliotecas (conforme o .libPaths()), ele se torna o padrão e não precisa ser especificado. Portanto, apenas

install.packages("mvtnorm", dependencies = TRUE)
## Installing package into '/home/fpmayer/R/library'
## (as 'lib' is unspecified)

irá baixar o pacote mvtnorm do repositório já especificado anteriormente e instalá-lo na biblioteca ~/R/library.

Para instalar mais de um pacote ao mesmo tempo na mesma biblioteca, a função c() pode ser utilizada para especificar uma sequência de pacotes. Por exemplo, para instalar os pacotes nnet e tweedie podemos fazer

install.packages(c("nnet", "tweedie"), dependencies = TRUE)
## Installing packages into '/home/fpmayer/R/library'
## (as 'lib' is unspecified)
## also installing the dependencies 'stabledist', 'statmod'

Note que os pacotes stabledist e statmod também foram instalados, conforme a mensagem acima. Isso ocorreu porque estes dois pacotes são dependências do tweedie, e como usamos o argumento dependencies = TRUE, eles foram selecionados e instalados automaticamente.

Utilizando o comando R CMD INSTALL

Quando o usuário já possui o arquivo fonte (com a extensão .tar.gz) do pacote a ser instalado não é necessário utilizar a função install.packages(). Nesse caso o comando externo R CMD INSTALL pode ser utilizado apenas para instalar pacotes. Portanto, para instalar o pacote foo.tar.gz podemos utilizar diretamente em um terminal

R CMD INSTALL -l ~/R/library foo.tar.gz

É importante que esse comando seja executado no diretório onde se encontra o arquivo foo.tar.gz. A opção -l seguida do caminho para a biblioteca (~/R/library) serve para especificar onde o pacote deve ser instalado. Ao contrário da função install.packages(), aqui é necessário especificar sua biblioteca particular, pois o arquivo .Renviron (onde especificamos a variável R_LIBS) não é lido pelo R CMD.

Com este comando também podemos instalar mais de um pacote ao mesmo tempo. Se todos os arquivos-fonte (.tar.gz) dos pacotes foo, bar e baz estão no mesmo diretório, podemos instalá-los especificando seus nomes separados por um espaço,

R CMD INSTALL -l ~/R/library foo.tar.gz bar.tar.gz baz.tar.gz

Instalar pacotes do CRAN através do R CMD INSTALL não é muito comum, pois a função install.packages() faz todo o processo automaticamente. O R CMD INSTALL é mais utilizado para pacotes disponibilizados por outros meios, que não o repositório do CRAN.

Gerenciando pacotes instalados

Após a instalação de diversos pacotes diferentes, em algum momento o usuário sentirá a necessidade de gerenciá-los. Esse gerenciamento significa observar quais pacotes estão instalados e em quais bibliotecas. Eventualmente também é necessário atualizar os pacotes para versões mais novas.

No R, esse gerenciamento de pacotes pode ser feito por uma única função: packageStatus(). De acordo com ?packageStatus(), esta função

"Resume informações sobre pacotes instalados e pacotes disponíveis em vários repositórios..."

A seguir segue uma saída da chamada desta função.

packageStatus()
## Number of installed packages:
##                             
##                              ok upgrade unavailable
##   /home/fpmayer/R/library     5       0           0
##   /usr/local/lib64/R/library 29       0           0
## 
## Number of available packages (each package counted only once):
##                                         
##                                          installed not installed
##   http://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib        19          7057

A primeira parte do resultado desta função (Number of installed packages) mostra as bibliotecas disponíveis e o número de pacotes em cada uma. O número de pacotes é separado entre aqueles que estão atualizados (ok), os que podem ser atualizados para versões mais novas (upgrade), e os indisponíveis (unavailable). A segunda parte do resultado (Number of available packages) mostra o número de pacotes disponíveis (instalados e não instalados) no repositório padrão (definido anteriormente na seção Selecionando um repositório).

Note que no resultado acima, temos 5 pacotes instalados em ~/R/library, que são os 3 selecionados anteriormente: mvtnorm, nnet, e tweedie, e mais as duas dependências do tweedie, que foram instalados automaticamente: stabledist e statmod. O importante é saber que as dependências, mesmo sendo selecionadas automaticamente, também são instaladas na sua biblioteca pessoal.

Como demonstrado acima, este comando pode ser muito útil quando o usuário deseja saber quantos pacotes estão na sua biblioteca. No entanto, muitas vezes é necessário saber também quais são estes pacotes. Para isso está disponível também um método da função summary() para a função packageStatus(). Portanto,

summary(packageStatus())
## 
## Installed packages:
## -------------------
## 
## *** Library /home/fpmayer/R/library
## $ok
## [1] "mvtnorm"    "nnet"       "stabledist" "statmod"    "tweedie"   
## 
## $upgrade
## NULL
## 
## $unavailable
## NULL
## 
## 
## *** Library /usr/local/lib64/R/library
## $ok
##  [1] "base"       "boot"       "class"      "cluster"    "codetools" 
##  [6] "compiler"   "datasets"   "foreign"    "graphics"   "grDevices" 
## [11] "grid"       "KernSmooth" "lattice"    "MASS"       "Matrix"    
## [16] "methods"    "mgcv"       "nlme"       "nnet"       "parallel"  
## [21] "rpart"      "spatial"    "splines"    "stats"      "stats4"    
## [26] "survival"   "tcltk"      "tools"      "utils"     
## 
## $upgrade
## NULL
## 
## $unavailable
## NULL
## 
## 
## 
## Available packages:
## -------------------
## (each package appears only once)
## 
## *** Repository http://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib
## $installed
##  [1] "boot"       "class"      "cluster"    "codetools"  "foreign"   
##  [6] "KernSmooth" "lattice"    "MASS"       "Matrix"     "mgcv"      
## [11] "mvtnorm"    "nlme"       "nnet"       "rpart"      "spatial"   
## [16] "stabledist" "statmod"    "survival"   "tweedie"   
## 
## $`not installed`
##    [1] "A3"                          "abbyyR"                     
##    [3] "abc"                         "abc.data"                   
##    [5] "ABCanalysis"                 "abcdeFBA"                   
##    [7] "ABCoptim"                    "abcrf"                      
##    [9] "abctools"                    "abd"                        
##   [11] "abf2"                        "abind"                      
## 
## 
## [[CONTINUA...]]

apresenta um resulatdo mais completo (note que aqui o resultado foi editado para mostrar a parte inicial da saída, uma vez que todos os mais de 6000 pacotes do R são listados). A primeira parte deste resultado (Installed packages) apresenta agora não só o número, mas também quais são os pacotes instalados nas bibliotecas disponíveis. Além disso, elas também estão separadas entre aquelas atualizadas (ok), as que podem ser atualizadas (upgrade), e as indisponíveis (unavailable). A segunda parte do resultado (Available packages) agora apresenta quais são todos os pacotes instalados pelo repositório padrão, além de todos os outros disponíveis (não instalados).

Atualizando pacotes

Como visto nos resultados do comando packageStatus() acima, pode-se notar quando existem pacotes instalados, tanto na biblioteca particular quanto na biblioteca padrão do R, que podem ser atualizados para versões mais recentes. Manter os pacotes atualizados é sempre recomendado pelos desenvolvedores do R pois bugs estão sempre sendo corrigidos e os pacotes estão sendo aprimorados.

No caso dos pacotes instalados na biblioteca padrão do R (que fazem parte da instalação padrão do programa), inevitavelmente se torna necessário que o usuário tenha acesso como root para realizar as atualizações. Já na atualização de pacotes instalados na biblioteca particular isso novamente não é necessário. Por isso a importância do comando packageStatus(). Através dele o usuário sabe se precisa ou não iniciar o R como root para fazer atualizações.

Seja qual for a biblioteca onde os pacotes que serão atualizados estão instalados, o comando para essa tarefa é o mesmo, o que muda é apenas a forma como o programa é iniciado (como root ou não). O comando update.packages() compara as versões dos pacotes instalados com aqueles disponíveis no repositório do CRAN e apresenta ao usuário, como visto a seguir

update.packages()

Se existirem pacotes a serem atualizados, cada um será apresentado com uma pergunta sobre a atualização. O usuário deve responder para cada pacote apresentado se ele deve ser atualizado (y) ou não (N), além de poder cancelar a operação a qualquer momento (c). Ao final, os pacotes marcados com y serão baixados dos repositórios e instalados automaticamente.

Opcionalmente, se quiser atualizar todos os pacotes sem precisar responder a todas as questões, use

update.packages(ask = FALSE)

Ao final de um processo onde todos os pacotes são atualizados, a saída do comando packageStatus() deve ser com 0 pacotes para upgrade

packageStatus()
## Number of installed packages:
##                             
##                              ok upgrade unavailable
##   /home/fpmayer/R/library     5       0           0
##   /usr/local/lib64/R/library 29       0           0
## 
## Number of available packages (each package counted only once):
##                                         
##                                          installed not installed
##   http://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib        19          7057

Removendo pacotes

A remoção de pacotes pode ser feita de forma semelhante àquela utilizada para instalar pacotes. Da mesma forma que os comandos install.packages() e R CMD INSTALL servem para instalar pacotes, os comandos remove.packages() e R CMD REMOVE servem para removê-los.

Por exemplo, para remover o pacote nnet, de dentro de uma sessão do podemos fazer

remove.packages("tweedie")
## Removing package from '/home/fpmayer/R/library'
## (as 'lib' is unspecified)

Alternativamente, o argumento lib pode ser utilizado para especificar a biblioteca onde o pacote está instalado (ver a sessão Utilizando a função install.packages()). Neste caso, como não estamos especificando, assumimos que o pacote está na biblioteca padrão (a primeira do comando .libPaths()), ou seja, ~/R/library. Note que se o pacote em questão estiver em uma biblioteca que não seja essa (e.g. R_HOME/library) será necessário o acesso como root. Para remover mais de um pacote utilize a função c(), da mesma forma que em install.packages().

Pacotes também podem ser removidos com o comando R CMD REMOVE de um shell do Linux. Para remover o pacote nnet da biblioteca particular criada anteriormente, faça

R CMD REMOVE -l ~/R/library tweedie

Note que neste caso é necessário especificar o argumento -l com o caminho para a biblioteca. Se esta não for sua biblioteca particular, será necessário executar esse comando como root. Para desinstalar mais de um pacote especifique o nome dos mesmos separados por um espaço.

Com a remoção do pacote tweedie, o resultado de packageStatus() deve agora contar com apenas 4 pacotes instalados na biblioteca particular

packageStatus()
## Number of installed packages:
##                             
##                              ok upgrade unavailable
##   /home/fpmayer/R/library     4       0           0
##   /usr/local/lib64/R/library 29       0           0
## 
## Number of available packages (each package counted only once):
##                                         
##                                          installed not installed
##   http://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib        18          7058

Note que as dependências do pacote tweedie que foram instaladas automaticamente (stabledist e statmod) continuam instalados, ou seja, eles não são removidos automaticamente. A remoção destes pacotes deve ser feita manualmente (se necessário), pois não há uma forma automática de remover as dependências de pacotes que foram instaladas automaticamente.

Instalando pacotes de fora do CRAN

Atualmente muitos programadores desenvolvem e disponibilizam seus pacotes em sites que não são o CRAN. Alguns autores disponibilizam seus pacotes em sites próprios, e dessa forma, basta baixar o pacote (geralmente o código-fonte com extensão .tar.gz), e instalar localmente, utilizando o comando R CMD INSTALL (ref. Utilizando o comando R CMD INSTALL), ou o install.packages() com

install.packages("foo.tar.gz", repos = NULL)

Onde o argumento repos = NULL especifica que o arquivo do pacote, foo.tar.gz está no diretório local, e não no repositório do CRAN.

Um outro exemplo de pacotes fora do CRAN são aqueles desenvolvidos e disponibilizados por sites como GitHub, e BitBucket. Atualmente há um grande número de desenvolvedores que preferem manter seus pacotes nestes sites devido à grande facilidade de colaboração e gerenciamento dos pacotes. Além disso, ocorre também que muitos desenvolvedores possuem uma versão estável do pacote no CRAN, mas recomendam utilizar versões em desenvolvimento disponibilizadas mais rapidamente no GitHub por exemplo.

De qualquer maneira, podemos instalar um pacote diretamente de seu repositório de algum destes sites. O pacote devtools possui funções para baixar e instalar automaticamente pacotes desemvolvidos nestes sites. Antes de qualquer coisa, é necessário então instalar o pacote devtools do CRAN

install.packages("devtools")
## Installing package into '/home/fpmayer/R/library'
## (as 'lib' is unspecified)
## also installing the dependencies 'stringi', 'magrittr', 'BH', 'mime', 'curl', 'R6', 'stringr', 'bitops', 'brew', 'Rcpp', 'xml2', 'httr', 'RCurl', 'memoise', 'whisker', 'evaluate', 'digest', 'rstudioapi', 'jsonlite', 'roxygen2', 'rversions', 'git2r'

## 
## The downloaded source packages are in
## 	'/tmp/RtmpxtZV6R/downloaded_packages'

Após a instalação, podemos usar as funções install_github() e install_bitbucket() para instalar pacotes diretamente do GitHub, e do BitBucket, respectivamente. Como exemplo, vamos instalar o pacote de exemplo criado neste mesmo repositório (meupacote). Na função install_github(), precisamos especificar apenas o nome do usuário, o nome do repositório, e (opcionalmente) o nome do sub-diretório onde se encontra o pacote. Nesse caso o pacote se encontra em hhtp://github.com/fernandomayer/R-pacotes-rautu/meupacote, portanto podemos instalá-lo com

library(devtools)
install_github("fernandomayer/R-pacotes-rautu", subdir = "meupacote")
## Downloading github repo fernandomayer/R-pacotes-rautu@master
## Installing meupacote
## '/usr/local/lib64/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save  \
##   --no-restore CMD INSTALL  \
##   '/tmp/RtmpxtZV6R/devtools4c514c27943/fernandomayer-R-pacotes-rautu-9b372e9/meupacote'  \
##   --library='/home/fpmayer/R/library' --install-tests

Note que o pacote meupacote foi instalado também na biblioteca pessoal (que é o padrão), e agora pode ser utilizado normalmente com a chamada de

library(meupacote)

O resultado da chamada de packageStatus() agora é

packageStatus()
## Number of installed packages:
##                             
##                              ok upgrade unavailable
##   /home/fpmayer/R/library    27       0           1
##   /usr/local/lib64/R/library 29       0           0
## 
## Number of available packages (each package counted only once):
##                                         
##                                          installed not installed
##   http://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib        41          7035

Veja que agora temos um grande número de pacotes instalados na biblioteca particular, que são todas as dependências do devtools, além dos quatro que já estavam instaladpos. Também há um pacote listado na coluna unavailable. Este pacote "indisponível" é o pacote meupacote instalado do GitHub. O pacote estar listado como unavailable não significa que ele não está disponível para uso. Apenas significa que ele não está disponível no CRAN. Dessa forma, ele não terá atualizações automáticas por exemplo, com update.packages(). Na prática, qualquer pacote instalado que nao estiver no CRAN será listado como unavailable.

Bibliografia recomendada

A principal fonte de informação para esse assunto é o capítulo 6 do manual R Installation and Administration, disponível em http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.pdf.

No entanto, existem alguns artigos publicados no periódico R news que tratam este assunto de forma um pouco mais abrangente (nos quais este documento foi baseado):