В любом проекте есть константа, которая указывает на корневой каталог (ROOT_PATH).
В проекте есть следующие папки:
./app - собственно приложение. Когда проект компилируемый, этот каталог могу называть ./src
./config - конфиги. Конфиги доступа к базе, настройка проекта, локализация.
./tmp - временные файлы. Сам каталог лежит в репозитории, но его содержимое в .gitignore
./log - логи. Сам каталог лежит в репозитории, но его содержимое в .gitignore
./vendor - тут лежат модули сторонних поставщиков (vendors)
./doc - документация
./lib - собственные библиотеки. Код, который часто используется, но не является состовной частью проекта.
./test - тесты
./spec - спецификации
./bin - бинарные файлы (утилиты, которые пригодятся в проекте). Иногда называют ./scripts или ./utils
./dist - для компилируемых проектов результат последний компиляции (от слова distributive - распространение), иногда называют ./build, но, как правило, build означает временное хранение результатов build-а, не предназначенных для дистрибьюции.
./public - публичные файлы, которые отдаются веб-сервером "как-есть" без обработки.