6. 常见问题

1. HiC-Pro输出文件

使用HiC-Pro的allValidPairs转化成cLoops输入需要的BEDPE格式。一般我们选择在reads position 沿着reads strand的方向延长一定长度，通常我们选择reads测序长度与fragment size一半的最小值。由于在cLoops预处理的第一步即把(startA+endA)/2, (startB+endB)/2转换成(x,y),因而这个延长长度影响不大。