readme.md

Install/Uninstall your environment

I was make file bash for easy do it

For install environment, run automatically_initialize_environment.sh file. Your environment name will same as your folder repository

./automatically_initialize_environment.sh

For uninstall environment, run automatically_destroy_environment.sh file. Your environment name will same as your folder repository

./automatically_destroy_environment.sh

summary_col_data file content format

First is header:

col_name:       column name will be used to get data.
conver:         func name, will used to get func convert value data.
rename:         after covert, if need rename that column, this field will have data.

File content format as csv file, sep = ",".

Btw explore_ouput are lib, it main func dont have much summary. To view what that lib can do, please check explore_output.ipynb

Where we can find data was used

hotspot 22A: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/107832855

click downdataset -> gen sequence (fasta) -> download

hotspot statistic: https://raw.githubusercontent.com/auton1/Campbell_et_al/master/hotspots-coldspots-b37-filtered.txt

How to run explore_output main func

python explore_output.py -data <đường dẫn đến thư mục chứa kết quả của ldhat/rhomap> -compare <file định dạng nguồn dữ liệu cần compare>

-compare: file đưa vô đây là file csv gồm các trường:

'path'      :   đường dẫn tới file compare,
'rates'     :   tên của cột để lấy giá trị recombination rate,
'poss'      :   tên cột để lấy position,
'name'      :   tên của biểu đồ được vẽ lên,
'ylabel'    :   tên của trục y (mặc định lấy theo rates),
'xlabel'    :   tên của trục x (mặc định lấy theo poss),
'query'     :   câu query để filter dữ liệu pandas DataFrame

Code below will create compare one csv file simple

template_compare = pd.DataFrame({
'path':['../HapmapII_GRCh37_RecombinationHotspots/genetic_map_GRCh37_chr22.txt','./genetic_map_GRCh38_merged.tab'],
'rates': ['Rate(cM/Mb)','recomb_rate'],
'poss': ['Position(bp)','pos'],
'name': ['genetic_map_GRCh38_chr22','genetic_map_GRCh38_chr22_merged'],
'ylabel':['Recombination Rate (cM/Mb)','Recombination Rate (cM/Mb)'],
'xlabel': ['Position (Mb)','Position (Mb)'],
'query':['',"chrom == 'chr22'"]
})
template_compare.to_csv('template_compare.csv')

Tạo requirements file

pipreqs ./ --force