Skip to content

Commit

Permalink
funicle parent adustment
Browse files Browse the repository at this point in the history
And getting rid of temporary NCBITaxon terms due to Ontofox outage.
  • Loading branch information
ddooley committed Mar 28, 2024
1 parent 91d6125 commit b55391c
Showing 1 changed file with 23 additions and 107 deletions.
130 changes: 23 additions & 107 deletions src/ontology/foodon-edit.ofn
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -9147,7 +9147,6 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_205481))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_205524))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_205567))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_205582))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_206130))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_206147))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_209541))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_210060))
Expand Down Expand Up @@ -9240,6 +9239,7 @@ Declaration(Class(obo:NCBITaxon_251531))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_251532))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_255560))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_256424))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_2576622))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_257723))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_258209))
Declaration(Class(obo:NCBITaxon_259381))
Expand Down Expand Up @@ -70126,13 +70126,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_112509 "hordeum distichum")
AnnotationAssertion(go:hasExactSynonym obo:NCBITaxon_112509 "hordeum vulgare l. convar. distichon")
SubClassOf(obo:NCBITaxon_112509 obo:NCBITaxon_4513)

# Class: obo:NCBITaxon_1125938 (Selenicereus costaricensis)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_1125938 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_1125938 "2024-03-23T03:45:55Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_1125938 "Selenicereus costaricensis"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_1125938 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_112728 (Polyprion americanus)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_112728 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -74758,18 +74751,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_190224 "Rubus flagellaris
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_190224 "rubus flagellaris"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_190224 obo:FOODON_03414206)

# Class: obo:NCBITaxon_190531 (Vaccinium deliciosum)

AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_190531 "Vaccinium deliciosum"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_190531 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_190542 (Vaccinium membranaceum)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_190542 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_190542 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_190542 "Vaccinium membranaceum"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_190542 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_190544 (Vaccinium ovalifolium)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_190544 obo:IAO_0000122)
Expand Down Expand Up @@ -74903,13 +74884,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_192602 "inca scad"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_192602 "trachurus murphyi"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_192602 obo:FOODON_03411090)

# Class: obo:NCBITaxon_193297 (Aronia)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_193297 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_193297 "2024-03-23T03:07:03Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_193297 "Aronia"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_193297 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_193309 (Pyracantha coccinea)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_193309 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -75852,24 +75826,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_205582 "litchi tomato"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_205582 "solanum sisymbriifolium"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_205582 obo:FOODON_03415104)

# Class: obo:NCBITaxon_206130 (obo:NCBITaxon_206130)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_206130 obo:IAO_0000428)
AnnotationAssertion(obo:IAO_0000115 obo:NCBITaxon_206130 "The tub gurnard, *Chelidonichthys lucerna* (also C. lucernus, Trigla lucerna, T. corax) is a species of bottom-dwelling coastal fish with a spiny armored head and fingerlike pectoral fins used for crawling along the sea bottom. The tub gurnard is a reddish fish with blue pectoral fins. [https://en.wikipedia.org/wiki/Tub_gurnard]"@en)
AnnotationAssertion(obo:IAO_0000118 obo:NCBITaxon_206130 "tub gurnard"@en)
AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_206130 <http://langual.org>)
AnnotationAssertion(go:hasDbXref obo:NCBITaxon_206130 <http://eol.org/pages/221983>)
AnnotationAssertion(go:hasDbXref obo:NCBITaxon_206130 langual:B4611)
AnnotationAssertion(go:hasDbXref obo:NCBITaxon_206130 "CEC1993:1076")
AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_206130 "Chelidonichthys lucernus (Linnaeus, 1758)")
AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_206130 "Trigla lucerna Linnaeus, 1758")
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_206130 "chelidonichthys lucerna"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_206130 "chelidonichthys lucernus"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_206130 "smallscaled gurnard"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_206130 "trigla corax"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_206130 "trigla lucerna"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_206130 obo:FOODON_03412235)

# Class: obo:NCBITaxon_206147 (Pentanemus quinquarius)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_206147 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -77312,6 +77268,24 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_256424 "blackspotted pike"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_256424 "esox reichertii"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_256424 obo:FOODON_03411293)

# Class: obo:NCBITaxon_2576622 (Chelidonichthys lucerna)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_2576622 obo:IAO_0000428)
AnnotationAssertion(obo:IAO_0000115 obo:NCBITaxon_2576622 "The tub gurnard, *Chelidonichthys lucerna* (also C. lucernus, Trigla lucerna, T. corax) is a species of bottom-dwelling coastal fish with a spiny armored head and fingerlike pectoral fins used for crawling along the sea bottom. The tub gurnard is a reddish fish with blue pectoral fins. [https://en.wikipedia.org/wiki/Tub_gurnard]"@en)
AnnotationAssertion(obo:IAO_0000118 obo:NCBITaxon_2576622 "tub gurnard"@en)
AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:NCBITaxon_2576622 <http://langual.org>)
AnnotationAssertion(go:hasDbXref obo:NCBITaxon_2576622 <http://eol.org/pages/221983>)
AnnotationAssertion(go:hasDbXref obo:NCBITaxon_2576622 langual:B4611)
AnnotationAssertion(go:hasDbXref obo:NCBITaxon_2576622 "CEC1993:1076")
AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_2576622 "Chelidonichthys lucernus (Linnaeus, 1758)")
AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_2576622 "Trigla lucerna Linnaeus, 1758")
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_2576622 "chelidonichthys lucerna"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_2576622 "chelidonichthys lucernus"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_2576622 "smallscaled gurnard"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_2576622 "trigla corax"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_2576622 "trigla lucerna"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_2576622 obo:FOODON_03412235)

# Class: obo:NCBITaxon_257723 (Ninnigobius canestrinii)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_257723 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -79115,13 +79089,6 @@ AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso obo:NCBITaxon_302047 <https://www.wonews.com/Bl
SubClassOf(obo:NCBITaxon_302047 obo:FOODON_00002908)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_302047 obo:FOODON_03412642)

# Class: obo:NCBITaxon_3031349 (Passiflora edulis f. edulis)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_3031349 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_3031349 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_3031349 "Passiflora edulis f. edulis"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_3031349 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_303741 (Sphoeroides spengleri)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_303741 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -81673,7 +81640,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_3654 "equisi"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_3654 "kaffir melon"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_3654 "momordica lanata"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_3654 obo:FOODON_03411283)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_3654 ObjectSomeValuesFrom(obo:RO_0002162 obo:NCBITaxon_3654))

# Class: obo:NCBITaxon_365580 (Pangasius larnaudii)

Expand Down Expand Up @@ -83309,13 +83275,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_3918 "vigna aconitifolia"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_3918 obo:FOODON_03411567)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_3918 obo:FOODON_03414742)

# Class: obo:NCBITaxon_39269 (Agastache foeniculum)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_39269 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_39269 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_39269 "Agastache foeniculum"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_39269 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_392747 (Paullinia cupana)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_392747 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -84253,13 +84212,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_41522 "Centaurea cyanus L.
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_41522 "centaurea cyanus"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_41522 obo:FOODON_03411179)

# Class: obo:NCBITaxon_41550 (Cirsium arvense)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_41550 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_41550 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_41550 "Cirsium arvense"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_41550 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_416196 (Citrus australasica)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_416196 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -87032,13 +86984,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_491138 "crangon crangon"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_491138 "crangon vulgaris"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_491138 obo:FOODON_03412574)

# Class: obo:NCBITaxon_49170 (Rhododendron tomentosum)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_49170 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_49170 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_49170 "Rhododendron tomentosum"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_49170 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_492024 (Alepocephalus australis)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_492024 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -88404,13 +88349,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_56993 "Araucaria bidwillii
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_56993 "araucaria bidwillii"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_56993 obo:FOODON_03414684)

# Class: obo:NCBITaxon_57006 (Sambucus nigra subsp. caerulea)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_57006 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_57006 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_57006 "Sambucus nigra subsp. caerulea"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_57006 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_571675 (Kunzea pomifera)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_571675 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -90195,13 +90133,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_6610 "Sepia officinalis Li
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_6610 "sepia officinalis"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_6610 obo:FOODON_03411644)

# Class: obo:NCBITaxon_661104 (Morchella tomentosa)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_661104 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_661104 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_661104 "Morchella tomentosa"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_661104 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_661134 (Sphyrna tudes)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_661134 obo:IAO_0000428)
Expand All @@ -90217,13 +90148,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_661134 "shark, smalleye hammerhe
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_661134 "sphyrna tudes"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_661134 obo:FOODON_03412598)

# Class: obo:NCBITaxon_661339 (Aronia melanocarpa)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_661339 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_661339 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_661339 "Aronia melanocarpa"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_661339 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_662062 (Paratrachichthys trailli)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_662062 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -90962,11 +90886,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasNarrowSynonym obo:NCBITaxon_690869 "Rhinobatos percell
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_690869 "rhinobatos percellens"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_690869 obo:FOODON_03414130)

# Class: obo:NCBITaxon_69108 (Adansonia)

AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_69108 "Adansonia"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_69108 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_69109 (Adansonia digitata)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_69109 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -96231,13 +96150,6 @@ AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_984867 "rocket-larkspur"@en)
AnnotationAssertion(go:hasSynonym obo:NCBITaxon_984867 "royal knight's-spur"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_984867 obo:FOODON_03413359)

# Class: obo:NCBITaxon_98504 (Matricaria chamomilla)

AnnotationAssertion(dcterms:contributor obo:NCBITaxon_98504 <https://orcid.org/0000-0002-8844-9165>)
AnnotationAssertion(dcterms:date obo:NCBITaxon_98504 "2024-03-23T03:09:40Z"^^xsd:dateTime)
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:NCBITaxon_98504 "Matricaria chamomilla"@en)
SubClassOf(obo:NCBITaxon_98504 obo:OBI_0100026)

# Class: obo:NCBITaxon_9852 (Alces alces)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000114 obo:NCBITaxon_9852 obo:IAO_0000428)
Expand Down Expand Up @@ -96877,6 +96789,10 @@ EquivalentClasses(obo:PO_0009084 ObjectIntersectionOf(ObjectSomeValuesFrom(obo:B
AnnotationAssertion(rdfs:label obo:PO_0009090 "aril"@en)
SubClassOf(obo:PO_0009090 obo:FOODON_03420178)

# Class: obo:PO_0020006 (funicle)

SubClassOf(obo:PO_0020006 obo:PO_0025066)

# Class: obo:PO_0025034 (leaf)

AnnotationAssertion(obo:IAO_0000412 obo:PO_0025034 <http://langual.org>)
Expand Down

0 comments on commit b55391c

Please sign in to comment.