-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
Copy path2_prepare_ALL.ado
68 lines (61 loc) · 3.24 KB
/
2_prepare_ALL.ado
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
*------------------------------------------------------------------------------*
* This script selects patients with all cancers combined-----------------------*
*------------------------------------------------------------------------------*
*-------------------------------*
*** Install relevant packages ***
*-------------------------------*
* tell Stata to never pause
set more off, perm
* style of decimal point is a comma
set dp comma, perm
capture program drop prepare_ALL
program prepare_ALL
args bool_stage data_path results_data_path disease
capture drop *
*----------------------------*
***** SELECTION CRITERIA *****
*----------------------------*
/* open selected patients */ use "`data_path'\\patient_data.dta", clear
display _N
/* BLAD */ keep if tumsoort==712310 | tumsoort==712320 | tumsoort==713310 | ///
tumsoort==713330 | tumsoort==713340 | ///
tumsoort==719310 | tumsoort==719330 | ///
/* CERV */ (tumsoort==603300 & gesl == 2) | ///
/* CNS */ tumsoort==961300 | tumsoort==961310 | ///
tumsoort==962300 | tumsoort==962310 | tumsoort==963310 | ///
tumsoort==963320 | tumsoort==963330 | tumsoort==964310 | ///
tumsoort==964320 | tumsoort==964330 | tumsoort==966300 | ///
tumsoort==966310 | ///
/* CRC */ tumsoort==205310 | tumsoort==205320 | ///
tumsoort==205330 | tumsoort==205340 | ///
/* ECS */ tumsoort==201310 | ///
tumsoort==201320 | tumsoort==202300 | tumsoort==203300 | ///
/* ENDO */ (tumsoort==604300 & gesl == 2) | ///
/* FBRE */ (tumsoort==501300 & gesl == 2) | ///
/* HN */ tumsoort==101300 | tumsoort==102310 | ///
tumsoort==102320 | tumsoort==102330 | tumsoort==102340 | ///
tumsoort==102350 | tumsoort==103310 | tumsoort==103320 | ///
tumsoort==103330 | tumsoort==103340 | tumsoort==104310 | ///
tumsoort==104320 | tumsoort==105310 | tumsoort==105320 | ///
tumsoort==105340 | tumsoort==105350 | tumsoort==105360 | ///
tumsoort==106310 | tumsoort==106320 | tumsoort==106330 | ///
tumsoort==106340 | tumsoort==107310 | ///
/* HPB */ tumsoort==207310 | tumsoort==207320 | ///
tumsoort==208310 | tumsoort==208320 | tumsoort==209310 | ///
tumsoort==209320 | tumsoort==208330 | tumsoort==208340 | ///
tumsoort==208350 | tumsoort==208360 | ///
/* KIDN */ tumsoort==711310 | ///
/* LUNG */ tumsoort==302310 | tumsoort==302320 | ///
tumsoort==302330 | tumsoort==302340 | tumsoort==302350 | ///
/* MEL */ tumsoort==441310 | tumsoort==441320 | ///
tumsoort==441330 | tumsoort==441340 | tumsoort==441350 | ///
/* OFT */ ((tumsoort==606310 | tumsoort==606320 | tumsoort==606340) & gesl == 2) | ///
/* PROST */ (tumsoort==702300 & gesl == 1) | ///
/* SCC */ tumsoort==403310 | tumsoort==403330 | tumsoort==403320 | ///
/* TEST */ ((tumsoort==703310 | tumsoort==703320) & gesl == 1) | ///
/* THY */ tumsoort==901310 | tumsoort==901320 | ///
tumsoort==901330 | tumsoort==901340 | tumsoort==901350
display _N
/* compress */ quietly compress
save "`results_data_path'\\`disease'_descriptives_`bool_stage'.dta", replace
end