Database on gene expression in muscles

This is database about gene expression in muscles.

The database contains following data:

1. experimental data and its annotation

• rna-seq
• CAGE
• protein mass-spec

2. results of computer analysis of these data

• rna-seq
  • quality control
  • normalised expression data
  • differentially expressed genes
  • ...
• CAGE
  • quality control
  • new TSS, promoters and enhancers
  • differentially expressed TSS, genes
• protein mass-spec
  • ...

3. ...

install

для фронтенда на машине должен быть node >= 6, устанавливается nodejs

для maven нужно настроить nexus https://sites.google.com/a/developmentontheedge.com/wiki/home/sistemnoe-administrirovanie/maven-repozitorij-nexus нужна только первая часть - до "mvn deploy"

дальше из приложения muscle -- вызвать npm install - будет скачано 100+ мб -- mvn install -U -Dmaven.artifact.threads=1

Database

• config connection profile in file: src/connectionProfiles.local.yaml
• create file src/profile.local with name of connection, for example: "test_local"
• create database

mvn be5:create-db

Полезные таски из плагина be5 для maven

mvn be5:sync
если нужно только обновить/синхронизировать структуру базы данных с ее декларацией в be5

mvn be5:data -DBE5_SCRIPT=ftl_script_name

$ mvn be5:data -DBE5_SCRIPT=GSE120862
выполнение скрипта по имени переданного в параметре BE5_SCRIPT, по умолчанию из папка src/ftl

Подробнее - https://github.com/DevelopmentOnTheEdge/be5/wiki/Maven-plugin

Frontend

Фронтенд собирается в src/main/webapp/

//установить зависимости
npm install
//Режим разработки
npm start
//На своей машине быстрее собрать незжатый 
npm run build
//На сервере собирается
npm run build-min

Можно также взять готовый фронтенд из https://github.com/DevelopmentOnTheEdge/be5-react/tree/master/dist/compressed

Run Test Be5 application!

Просто запустите main метод

public class MuscleMain
{
    public static void main(String... args)
    {
        new EmbeddedJetty().run();
    }
}

Или

mvn clean install jetty:run -Djetty.http.port=8200

Если вы воспользовались вторым вариантом запуска тогда нужно настроить debug.

Debug, Hot Swapping With Maven, Jetty and IntelliJ

Hot Swapping With Maven, Jetty and IntelliJ

1)In VM Parameters, enter:
  -Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,suspend=n,address=4000
2)add Add New Configuration -> Remote 

Dev

Для обновления yaml проекта без перезапуска настройте dev.yaml
Быстрое обновление dev.yaml