cleaner dependencies

R/internal.R

@@ -0,0 +1,49 @@
+#' @importFrom BiocGenerics relist
+#' @importFrom data.table as.data.table melt.data.table
+#' @importFrom doParallel registerDoParallel
+#' @importFrom doRNG %dorng%
+#' @importFrom EnvStats ebeta
+#' @importFrom ExtDist eBeta pBeta
+#' @importFrom foreach foreach
+#' @importFrom gamlss gamlss gamlss.control
+#' @importFrom gamlss.dist pBEINF
+#' @importFrom GenomicRanges mcols `mcols<-` granges reduce findOverlaps
+#' @importFrom IRanges subsetByOverlaps
+#' @importFrom matrixStats rowMedians rowIQRs
+#' @importFrom methods as is
+#' @importFrom parallel detectCores makeCluster stopCluster
+#' @importFrom S4Vectors queryHits
+#' @importFrom stats median na.omit rbeta pbeta
+#' @importFrom utils head tail
+## #' @importFrom Rcpp sourceCpp
+## #' @useDynLib ramr, .registration=TRUE
+
+
+# internal globals, constants and helper functions 
+#
+
+################################################################################
+# Globals, unload
+################################################################################
+
+utils::globalVariables(c(
+  "chunk", "column", "ncpg", "width", "..data.samples", ":=", "alpha", "color",
+  "size", "start"
+))
+
+# .onUnload <- function (libpath) {library.dynam.unload("ramr", libpath)}
+
+################################################################################
+# Constants
+################################################################################
+
+# descr: ...
+
+#
+
+################################################################################
+# Functions: ...
+################################################################################
+
+# descr: ...
+# value: ...